عالم معلوماتية حيوية (دكتوراه)

وصف

سيكون على عالم المعلوماتية الحيوية الحاصل على درجة الدكتوراه مسؤولية برمجة خطوط أنابيب المعلوماتية الحيوية الخاصة بالتحليل الجينومي واختبارات التسلسل الجيل التالي (NGS) في التشخيص السريري، ودعم العمليات السريرية وأنظمة المعلومات المعملية باستخدام منصات حوسبة محلية وسحابية. ويُتوقع أن يكون لديه خلفية قوية في البرمجة، ونهج منضبط للحفاظ على أعلى معايير التحقق من صحة البيانات والحوكمة، مع تطبيق أفضل ممارسات تطوير البرمجيات. كما سيتولى إدارة المشاريع، وتوفير البيانات، ونقل النتائج. وتشمل المسؤوليات الأخرى البحث والتطوير داخل المختبر السريري، والذي يتضمن إعداد وتحليل مجموعات البيانات باستخدام تقنيات علوم البيانات، بما في ذلك القدرة على عرض النتائج عند الحاجة. المسؤوليات الرئيسية: تنفيذ واعتماد أدوات وخطوط أنابيب المعلوماتية الحيوية الخاصة باختبارات التسلسل الجيل التالي (NGS) في المجال السريري. تطوير وتقييم وتكيف واعتماد وتنفيذ برمجيات لتحديد الفجوات في استدعاء وشرح التغيرات الجينية في بيانات التسلسل الجيل التالي (NGS) والحد منها بهدف تحسين رعاية المرضى. المشاركة في تحسين مراجعة بيانات التسلسل الجيل التالي (NGS)، والمساعدة في سير العمل الخاص بالمعلوماتية الحيوية وتفسير التغيرات الجينية لإعداد تقارير متوافقة مع نظام معلومات المختبر. ضمان الأرشفة المناسبة للبيانات، ووضع طرق لاسترجاع البيانات المؤرشفة عند الحاجة للتقييم المستقبلي أو متطلبات ضمان الجودة. ضمان الامتثال لمتطلبات CAP والتقيد بأنظمة المعاملات والأمان وسرية المعلومات. المشاركة في جميع مراحل الاختبار المرتبطة بالتطبيقات أثناء عمليات التنفيذ أو التحديث. المشاركة في تقييم اقتناء الأجهزة والبرمجيات المستقبلية. التعاون مع مطوري البرمجيات الآخرين وفرق تكنولوجيا المعلومات والموظفين المعنيين بالتطبيقات ومع مستخدمي أنظمة المعلومات لتقييم وتخطيط وتصميم وتطوير واختبار وتنفيذ وصيانة جهود تطوير التطبيقات والتقارير. العمل مع مديري المختبرات، وأطباء الأمراض، والمهنيين المخبريين، والأعضاء العلميين الآخرين لتحسين واعتماد أدوات وعمليات تحليلية جديدة. المتطلبات أ- التعليم: درجة دكتوراه (PhD) في مجال المعلوماتية الحيوية ب- الخبرة العملية: خبرة مهنية لا تقل عن سنتين في تحليل البيانات الأولية للتسلسل الجيني البشري باستخدام تقنية التسلسل الجيل التالي (NGS). ج- اللغة: الإنجليزية د- العمر: من 25 إلى 55 سنة هـ- المهارات والمعرفة والقدرات المطلوبة: مهارات تواصل ومهارات اجتماعية فعّالة. القدرة على العمل بشكل مستقل أو ضمن فريق. إجادة أنظمة التشغيل عبر واجهة سطر الأوامر، ولغات البرمجة، وحزم البرمجيات الخاصة بالمعلوماتية الحيوية. معرفة متعمقة بقواعد البيانات الجينومية العامة المختلفة، وخوارزميات المعلوماتية الحيوية، وأدوات وحزم البرمجيات الإحصائية مثل R. فهم أو خبرة في سير العمل الجينومي المخبري ومتطلبات هيئة اعتماد المختبرات (CAP). إتقان لغات البرمجة والبرمجة النصية (مثل Python وPerl وRuby و/أو Javascript) للتعامل مع مجموعات البيانات الكبيرة ومعالجتها. خبرة في تنقيب البيانات والتعلم الآلي. معرفة بأحد لغات قواعد البيانات، مثل MySQL وOracle. خبرة في بناء قواعد بيانات الطفرات النووية الفردية (SNV) وقواعد بيانات التغيرات في عدد النسخ (CNV). معرفة كافية بدورة تطوير وإدارة التطبيقات القائمة على الويب. خبرة في الحوسبة السحابية. معرفة بأدوات المعلوماتية الحيوية التجارية. اهتمام عالٍ بتدريب العلماء غير المتخصصين في المعلوماتية الحيوية.